El Museo del Colegio Nacional de Monserrat nació formando parte integrante del legado jesuítico, la Manzana Jesuítica y sus estancias, en el marco de la Declaratoria de Patrimonio de la Humanidad por UNESCO, en diciembre de 2000.
La sala de exposiciones nació como un anexo al Museo Histórico de la Universidad, formando parte de la contigua exposición de la librería jesuítica. En el año 2005 este concepto cambió, para que el Museo se transformara en una sala independiente, adquiriendo así su propia identidad.
El Museo exhibe una importante colección de máquinas de Física, Química y Astronomía compradas en su mayoría en el siglo XIX a Francia y Alemania. Si bien la colección cuenta con alrededor de 50 aparatos, existen instrumentos de todas las ramas de la física que se estudiaban entre el siglo XIX y el XX.
Además alberga en su Sala de Exposición al Archivo Histórico del Colegio y de la Estancia de Caroya (siglos XVII, XVIII y primera mitad del XIX).
El Colegio Nacional de Monserrat fue declarado Monumento Histórico Nacional (por ley 12.365) el 25 de Julio de 1938, su custodia esta a cargo de la Comisión Nacional de museos, monumentos y lugares históricos. Además cuenta con la declaratoria de Patrimonio Cultural de la Humanidad por la UNESCO desde 1º de Diciembre del año 2000.
